Arquivos representam uma fonte inesgotável de pesquisa, a sua valorização, manutenção e recuperação deve ser objeto de constante apoio por se tratar de uma herança de toda uma cidade, região, Estado ou até mesmo de um país. O Arquivo Histórico do Museu de História e Ciências Naturais, é composto por importantes documentos a respeito da história da Zona da Mata Mineira. Parte de seu acervo é composto pelos documentos do Arquivo Histórico Municipal que após solicitação por parte da diretoria do Museu foi entregue parte do seu acervo para a guarda e proteção, junto aos documentos que o Arquivo Histórico do museu possuía em sua sede.

Desde 2005 o Museu de História e Ciências Naturais é o gestor de parte dos Arquivos Históricos referente à história do município de Além Paraíba e de alguns municípios próximos (Volta Grande, Estrela Dalva, Pirapetinga e Santo Antônio do Aventureiro) que no passado emanciparam-se de Além Paraíba.

O Arquivo Histórico do Museu de História e Ciências Naturais possui desde 2009 registro no Cadastro Nacional de Entidades Custodiadoras de Acervos Arquivísticos do Conselho Nacional de Arquivos – CONARQ, sob o código BR MGMHCN.

Abaixo encontram-se parte do acervo do Arquivo Histórico:

1.     Livros Históricos dos municípios de Além Paraíba, Volta Grande, Estrela Dalva, Pirapetinga e Santo Antônio do Aventureiro;

2.     Livros de Leis da Câmara Municipal de Além Paraíba;

3.     Atas de reuniões da Câmara Municipal de Além Paraíba – 1895 / 1897 / 1899 / 1930 / 1932 / 1936 / 1948;

4.     Livros de Atas de Eleição de Além Paraíba - 1884;

5.     Alistamento de Eleitores – 1898 / 1900 / 1902;

6.     Registro Civil – Guia de Óbitos;

7.     Impostos Municipais – início 1904;

8.     Fiança Criminal – 1938;

9.     Impostos de Profissões – 1938 / 1939;

10.   Livros referentes a lançamentos contábeis do município de Além Paraíba até os dias atuais;

11.   Livros referentes à Dívida Ativa do Município de Além Paraíba;

12.   Mapas das linhas da Estrada de Ferro Leopoldina;

13.   Jornal Evolucionista – 1922

14.   Jornal Além Parahyba

15.   Jornal Renovador

16.   Jornal Agora

17.   Fotos antigas de Além Paraíba (acervo do Museu de História e Ciências Naturais);

18.   Acervo fotográfico referente aos 30 anos do Jornal Agora;

19.   Acervo fotográfico referente a Estrada de Ferro Leopoldina ns Estados de Minas Gerais, Rio de Janeiro e Espírito Santo;

20.   Acervo fotográfico da extinta Fundação Cultural de Além Paraíba;

21.   Acervo fotográfico da Família Vilella Pedras;

22.   Acervo fotográfico da Família Sucazas;

23.   Atas das reuniões do Sindicato dos Ferroviários da Estrada de Ferro Leopoldina (incluindo as atas durante o golpe militar de 1964);

24.   Cópias dos processos dos ferroviários da Estrada de Ferro Leopoldina presos durante o golpe militar de 1964 (possui restrição para consulta ao público);

25.   Áudio de entrevistas realizadas com ex-ferroviários que eram integrantes do Sindicato da Estrada de Ferro Leopoldina durante o golpe militar de 1964 e foram presos e torturados (possui restrição para consulta ao público);

26.   Trailers de filmes em 35 mm;

27.   Filmes em 16 mm;

28.   Seriados em 16 mm;

29.   Cartazes de porta de cinema;

30.   Fitas de Vídeo em VHS de filmes nacionais e estrangeiros;

31.   Gravações em DVD de entrevistas realizadas para a preservação da história de Além Paraíba;

32.   Gravações em áudio realizadas pelo Museu;

33.   Livros referentes a história de Além Paraíba e região;

34.   Publicações, revistas e jornais da cidade de Além Paraíba;

35.   Revistas e periódicos de circulação nacional;

36.   Memória fotográfica e jornalística referente aos 15 anos do Museu de História e Ciências Naturais.

Parte do acervo encontra-se em boas condições para pesquisas, já tendo sido objeto de trabalhos acadêmicos dos alunos do curso de História da Faculdade de Filosofia Ciências e Letras Professora Nair Fortes Abu-Merhy.