Arquivos representam uma fonte inesgotável de pesquisa, a sua valorização, manutenção e recuperação deve ser objeto de constante apoio por se tratar de uma herança de toda uma cidade, região, Estado ou até mesmo de um país. O Arquivo Histórico do Museu de História e Ciências Naturais, é composto por importantes documentos a respeito da história da Zona da Mata Mineira. Parte de seu acervo é composto pelos documentos do Arquivo Histórico Municipal que após solicitação por parte da diretoria do Museu foi entregue parte do seu acervo para a guarda e proteção, junto aos documentos que o Arquivo Histórico do museu possuía em sua sede.
Desde 2005 o Museu de História e Ciências Naturais é o gestor de parte dos Arquivos Históricos referente à história do município de Além Paraíba e de alguns municípios próximos (Volta Grande, Estrela Dalva, Pirapetinga e Santo Antônio do Aventureiro) que no passado emanciparam-se de Além Paraíba.
O Arquivo Histórico do Museu de História e Ciências Naturais possui desde 2009 registro no Cadastro Nacional de Entidades Custodiadoras de Acervos Arquivísticos do Conselho Nacional de Arquivos – CONARQ, sob o código BR MGMHCN.
Abaixo encontram-se parte do acervo do Arquivo Histórico:
1. Livros Históricos dos municípios de Além Paraíba, Volta Grande, Estrela Dalva, Pirapetinga e Santo Antônio do Aventureiro;
2. Livros de Leis da Câmara Municipal de Além Paraíba;
3. Atas de reuniões da Câmara Municipal de Além Paraíba – 1895 / 1897 / 1899 / 1930 / 1932 / 1936 / 1948;
4. Livros de Atas de Eleição de Além Paraíba - 1884;
5. Alistamento de Eleitores – 1898 / 1900 / 1902;
6. Registro Civil – Guia de Óbitos;
7. Impostos Municipais – início 1904;
8. Fiança Criminal – 1938;
9. Impostos de Profissões – 1938 / 1939;
10. Livros referentes a lançamentos contábeis do município de Além Paraíba até os dias atuais;
11. Livros referentes à Dívida Ativa do Município de Além Paraíba;
12. Mapas das linhas da Estrada de Ferro Leopoldina;
13. Jornal Evolucionista – 1922
14. Jornal Além Parahyba
15. Jornal Renovador
16. Jornal Agora
17. Fotos antigas de Além Paraíba (acervo do Museu de História e Ciências Naturais);
18. Acervo fotográfico referente aos 30 anos do Jornal Agora;
19. Acervo fotográfico referente a Estrada de Ferro Leopoldina ns Estados de Minas Gerais, Rio de Janeiro e Espírito Santo;
20. Acervo fotográfico da extinta Fundação Cultural de Além Paraíba;
21. Acervo fotográfico da Família Vilella Pedras;
22. Acervo fotográfico da Família Sucazas;
23. Atas das reuniões do Sindicato dos Ferroviários da Estrada de Ferro Leopoldina (incluindo as atas durante o golpe militar de 1964);
24. Cópias dos processos dos ferroviários da Estrada de Ferro Leopoldina presos durante o golpe militar de 1964 (possui restrição para consulta ao público);
25. Áudio de entrevistas realizadas com ex-ferroviários que eram integrantes do Sindicato da Estrada de Ferro Leopoldina durante o golpe militar de 1964 e foram presos e torturados (possui restrição para consulta ao público);
26. Trailers de filmes em 35 mm;
27. Filmes em 16 mm;
28. Seriados em 16 mm;
29. Cartazes de porta de cinema;
30. Fitas de Vídeo em VHS de filmes nacionais e estrangeiros;
31. Gravações em DVD de entrevistas realizadas para a preservação da história de Além Paraíba;
32. Gravações em áudio realizadas pelo Museu;
33. Livros referentes a história de Além Paraíba e região;
34. Publicações, revistas e jornais da cidade de Além Paraíba;
35. Revistas e periódicos de circulação nacional;
36. Memória fotográfica e jornalística referente aos 15 anos do Museu de História e Ciências Naturais.
Parte do acervo encontra-se em boas condições para pesquisas, já tendo sido objeto de trabalhos acadêmicos dos alunos do curso de História da Faculdade de Filosofia Ciências e Letras Professora Nair Fortes Abu-Merhy.